В 1270 г. около реки Прегель началось строительство Альтштата, старого города. Он был первым из трех городов, которые, объединившись позднее, образовали Кенигсберг. Границы его росли быстро. В то время, чтобы получить статус города, поселению необходимо было иметь определенное количество граждан. Они расселялись по дворам, а каждому двору на плане города соответствовала одна клеточка. Когда все клетки, предусмотренные в плане, заполнялись, город считался построенным. Для контроля над строительством домов приглашался всадник с длинным копьем определенной длины. Он проезжал по улицам, и если острие копья задевало строение, то домовладелец должен был его сломать или заплатить соответствующую пеню.
Колонистов в XIII веке было так много, что через несколько лет у ордена возникла необходимость основать еще один город, который стал называться Либенихт. Он был удален от реки, в нем не было порта и складов, поэтому населению Либенихта пришлось заняться земледелием и ремеслами. Порядки, которые царили в городе, завозились переселенцами с оставленной родины. Каждый мог добиваться своих прав только в том случае, если состоял в каком-либо союзе. На основе "закона о попрошайничестве" возникло даже объединение нищих, которым предоставлялась концессия. Заплатив налог, они могли спокойно собирать подаяния.
Либенихт, так же как и Альтштат, быстро заселили. Вновь прибывшие колонисты из Европы начали осваивать третью территорию, расположенную на острове Кнайпхоф. Отношения между городами были натянутыми, часто доходило до локальных войн, особенно когда Кнайпхоф перекрывал Альтштату дорогу на юг.
На речном острове в 1333 г. начал строиться Кафедральный собор, посвященный Деве Марии и Святому Адальберту, первому крестителю, которого пруссы-язычники принесли в жертву своим божествам. Собор строили 50 лет. Вокруг него жили в основном духовные лица. Епископ намеревался сделать из церкви крепость. Однако крестоносцам эта идея не понравилась. Тогдашний магистр определил безопасную для ордена высоту собора и толщину его стен.
В 1511 г. магистром ордена стал маркграф Альбрехт Бранденбургский. Потомки называли его не иначе как великий. Он упразднил Тевтонский орден и сделал Пруссию независимой от власти Папы Римского. Альбрехт установил связь с отцом реформации, Мартином Лютером. В Пруссии утвердилось лютеранство и светская власть. В 1519 г. из Кафедрального собора вышла последняя католическая процессия. Собор перешел во владение и пользование города Кнайпхоф.
В 1544 г. герцог Бранденбургский издал грамоту, которая провозглашала основание университета. Он располагался в непосредственной близости от собора. Учебное заведение состояло из трех "высших" факультетов: теологического, юридического, медицинского и одного "низшего" - философского. На университетском курсе редко набиралось более 300 слушателей. В XIX веке на кафедре математики училось только два студента. Подданные Пруссии отныне обязаны были слушать лекции только в своем университете. Выезд на учебу за границу грозил беглецу конфискацией имущества. Любопытно, что в герцогские времена нерадивых преподавателей пороли розгами. Эти процедуры были отменены только в XIX веке.
При Альбрехте в Кенигсберг пригласили проповедника, доктора теологии Андреаса Осиандра, который стал любимцем герцога. Многие полагали, что теолог был связан с дьяволом. Его проповеди походили на проповеди безбожия. Он был сказочно богат, но не оставил после себя ни гроша. Когда богослов умер, его похоронили в одной из церквей Альтштата. По городу распространился слух, что душу Осиандра унес сатана и теперь в могиле рядом с алтарем тело богослова лежит лицом вниз. Прихожане церкви боялись даже заходить в кирху. Недовольство среди жителей Кенигсберга росло, и Альбрехт решил вскрыть могилу. Поговаривали, что никакого Осиандра там не нашли. Вместо тела доктора теолога в кирхе обнаружили останки колдуна и чернокнижника Никкеля Балтазара.
Некоторых последователей Осиандра казнили. Это окончательно подкосило герцога. Альбрехт умер в 1566 г. в один день со своей женой Анной Марией. Их похоронили в Кафедральном соборе. Надгробный памятник для усыпальницы Альбрехта был создан голландцем Корнелиусом Флоресом. Он же изготовил эпитафию для первой супруги герцога, Доротеи.
В 1724 г. три города - Альтштат, Либенихт и Кнайпхоф - объединились в один - Кенигсберг. В этом же году родился философ Иммануил Кант, которого крестили в Кафедральном соборе. Будущий родоначальник немецкой классической философии был в семье четвертым ребенком из одиннадцати. Мама называла его "мой маленький Манельхен". Родители Канта были пиетистами. Это мистическое течение в лютеранстве отвергало развлечения и церковную обрядность. В 16 лет Кант поступил в кенигсбергский университет. До сих пор неизвестно, на каком факультете он учился.
Кант никогда не покидал пределов Пруссии. Любая перемена обстановки угрожала его здоровью, так по крайней мере считал сам ученый. Философ был низкого роста, всего 157 см. Несмотря на хрупкость, он дожил до 80 лет потому, что мыл ноги в холодной воде, мало спал, много двигался, дышал носом, умеренно ел. Женщины в жизни Канта играли незначительную роль, хотя от общения с ними он никогда не отказывался. В 1801 г. ученый покинул стены университета и до своей смерти в 1804 г. почти не выходил на улицу. После кончины могилу гения неоднократно вскрывали. В 1924 г. останки Канта были перенесены из профессорского склепа в могилу под специально построенную колоннаду. Нацисты в свое время хотели убедиться в арийском происхождении великого соотечественника. Для этого им пришлось в очередной раз "побеспокоить" ученого. Они раскопали могилу, чтобы измерить его череп.
После второй мировой войны Кенигсберг лежал в развалинах. Только в начале 80-х гг. началась консервация руин Кафедрального собора. Через десять лет строители приступили к его восстановлению. Но работы идут крайне медленно. Говорят, что главная калининградская церковь, посвященная Деве Марии, занесена ЮНЕСКО в список ценнейших памятников истории. Однако подтверждения этого нам, к сожалению, обнаружить не удалось.